یر نمود و به قتل رسانید و سپس جسد او را در لاشه مرده‌ الاغی گذاشت و آتش زد، (16)  و مسعودی و ابن حبان (17)  به کشتن محمد بن ابوبکر اشاره کرده‌اند، امّا از پرداختن به جزئیات خود داری کرده‌اند و ابن اثیر(18)  روایت ابی مخنف در طبری را با حذف نامه معاویه به محمد بن ابوبکر حدف کرده و متن نامه‌های رد و بدل شده بین علی و محمد و حذف جواب محمد بن ابوبکر به نامه‌های معاویه و عمرو بن عاص، ذکر کرده ‌است. 
 نویری به همان صورت که ‌ابن اثیر واقعه را ذکر نموده‌ان را بیان کرده ‌است، (19)  و ابن کثیر نزدیک به انچه‌ابن اثیر و نویری نوشته‌اند بیان کرده‌است، امّا ابن خلدون به مفهوم روایات ابی مخنف اشاره کرده‌ است، (20)  و ابن تغری بردی روایات ابی مخنف را مختصر نموده‌ است، (21)  ولی همه‌این روایات تنها از طریق ابی مخنف نقل شده‌اند و این روایات برای مشوّه نمودن و لکه دار کردن چهره‌ی تاریخ اسلام در آن برهه دست به هم داده‌اند و مشارکت کرده‌اند و نویسندگان معاصر بدون بررسی و پالایش آن را نقل کرده‌اند و در پخش آن سهیم شده‌اند و بسیاری از این دروغ‌ها در اذهان بعضی از فرهنگیان جای گرفته ‌است و اینگونه‌ این روایات بخش جدایی ناپذیری از سلسله مفاهیم غلط شده‌اند که بین مردم شایع و نشر کرده‌اند.
 امّا حتی اگر معاویه بن حدیج محمد بن ابی بکر را کشته باشد امّا در حدیث صحیح از عبدالرحمان بن شماسه روایت است که گفت: نزد ام المؤمنین عایشه رضی الله عنها رفتم، فرمود: اهل کجا هستی؟ گفتم: مصر، گفت: در این جنگ ابن حدیج را چگونه ‌یافتید؟ گفتم: او را بهترین فرمانده‌ یافتیم، برده‌ی هر کدام از ما می‌مرد او به آن کس برده‌ای می‌داد و شتر و اسب هر کس از بین می‌رفت به او شتر و اسب می‌داد، عایشه فرمود: اینکه‌ او برادر مرا کشته ‌است مرا از گفتن آنچه‌از پیامبر(ص) شنیده‌ام باز نمی‌دارد، پیامبر(ص) می‌فرمود: «هر کسی در چیزی فرمانده‌ امّت من قرار گرفت و با آنها مهربانی کرد با او مهربانی می‌شود و هر کسی با آنها به سختی رفتار کند با او به سختی رفتار می‌شود »(22) .
 روایات ابی مخنف در تاریخ طبری در مورد فرمانداری محمد بن ابوبکر در مصر و کشته شدن او چیزهای عجیب و غریبی ذکر شده که بارزترین آنها از این قرار است: 
1- او می‌گوید بعد از واقعه تحکیم، اهل شام با معاویه بر خلافت بیعت کردند. امّا این درست نیست چون ابن عساکر با سندی که راویان آن ثقه هستند از سعید بن عبدالعزیز تنوخی که‌ اگاه ترین فرد در مورد شام بود (23)  روایت می‌کند که گفت: علی(رض) در عراق امیرالمؤمنین خوانده می‌شود و معاویه در شام امیر گفته می‌شد، وقتی علی(رض) وفات یافت معاویه را در شام امیر المؤمنین می‌گفتند.(24)  پس این روایت بیانگر آن است که با معاویه بر خلافت بیعت نشد مگر بعد از وفات علی(رض).
طبری نیز همین را می‌گوید، او در آخر بحث از حوادث سال چهل هجری می‌گوید: در این سال در ایلیا با معاویه به عنوان خلیفه بیعت شد.(25)  
 ابن کثیر در توضیح این سخن طبری می‌گوید: یعنی وقتی علی(رض) وفات یافت، اهل شام به پا خواستند و با معاویه به عنوان امیرالمؤمنین بیعت کردند، چون از دیدگاه ‌آنها دیگر کسی نبود که با او درباره‌ی خلافت درگیر باشد، (26)  و اهل شام می‌دانستند که معاویه در امر خلافت با علی(رض) برابر نیست و با وجود خلیفه بودن علی(رض) جایز نیست او خلیفه باشد، چون فضیلت و پیشگام بودن و دانش و شجاعت علی(رض) و سایر برتری‌های او برای اهل شام آشکار و شناخته شده بود، همان طور که فضایل و جایگاه برادران علی (رض) یعنی ابوبکر و عمر و عثمان(رض) و دیگران را می‌دانستند، (27)  علاوه بر این نصوص دینی در صورت وجود خلیفه، بیعت با خلیفه‌ای دیگر را منع کرده‌اند. مسلم در صحیح خود از ابی سعید خدری روایت می‌کند که گفت: پیامبر(ص) فرمود: «إذا بویع لخلیفتین فاقتلوا الآخر منهما»(28) : (وقتی با دو خلیفه بیعت شد آخری را بکشید) و نصوص زیادی به همین معنا آمده ‌است و امکان ندارد که صحابه با آن مخالفت بورزند.(29)  
2- اینکه عمرو بن عاص با معاویه به توافق رسیدند که تا وقتی زنده‌است مصر تحت فرمانداری او باشد، این داستان را ابن عساکر با سندی روایت کرده که‌یکی از راویان مجهول(30)  و ناشناخته‌ای است و ذهبی آن را با صیغه تمریض(کلمه‌ای که به ضعیف بودن اشاره می‌کند و با فعل مجهول بیان می‌شود) روایت کرده‌است، پس در نتیجه روایت صحت و اعتباری ندارد.
3- متهم کردن محمد بن ابوبکر به اینکه ‌او عثمان(رض) را با خنجرش کشته ‌است، این هم صحت ندارد و روایات ضعیفی در این مورد آمده‌ است و از آن جا که متن این روایات با روایات صحیح که بیان می‌دارد که قاتل عثمان(رض) مردی از اهل مصر(31)  بوده، مخالف می‌باشند و شاذ و غیر قابل قبول هستند. دکتر یحیی الیحیی عوامل متعددی را بیان کرد، که بی گناهی محمد بن ابی بکر را در مورد کشتن عثمان (رض) اثبات می‌نمایند. که برخی از این دلایل عبارتند از: 
الف- عایشه(رض) به بصره رفت و خواستار مجازات قاتلان عثمان گردید و اگر چنانچه برادرش یکی از قاتلان می‌بود او به خاطر کشته شدن او ناراحت نمی‌شد.
ب- علی(رض) قاتلان عثمان(رض) را لعنت و نفرین می‌کرد و از آنها اعلام بیزاری نمود و به اقتضای این عملکرد ایشان (رض) باید قاتلان را از خود دور می‌کرد نه‌ اینکه فرماندار را از میان آنها انتخاب کند، حال آن که علی (رض) محمد بن ابی بکر را به عنوان فرماندار مصر مقرر نمود و اگر محمد از زمره قاتلان عثمان(رض) می‌بود علی(رض) او را به فرماندار منصوب نمی‌کرد.
ج- ابن عساکر با سند خود از محمد بن طلحه بن مصرف روایت می‌کند که گفت: از کنانه مولای صفیه بنت یحیی شنیدم که می‌گفت: در حادثه‌ی کشته شدن عثمان حضور داشتم و در آن وقت چهارده ساله بودم، پرسیدند آیا محمد بن ابوبکر هم در ریختن خون عثمان(رض) مشارکت داشت؟ گفت: پناه به خدا، محمد بن ابوبکر وارد خانه عثمان(رض) شد، آنگاه عثمان(رض) گفت: ای برادر زاده‌ام تو قاتل من نخواهی بود، بعد محمد برون رفت و هیچ مشارکتی در قتل او نداشت(32)  و آنچه خلیفه بن خیاط و طبری با اسنادی که راویان آن ثقه هستند از حسن بصری روایت کرده‌اند این را تایید می‌کند، آنها از حسن بصری که ‌از کسانی بود که در خانه عثمان(رض) حضور داشت(33)  روایت می‌کنند که می‌گوید: محمد بن ابوبکر ریش عثمان(رض) را گرفت، عثمان(رض) گفت: پدرت با من چنین نمی‌کرد، آن وقت محمد او را رها کرد و از خانه بیرون رفت، (34)  اینگونه روشن می‌شود که دست محمد بن ابوبکر به خون عثمان(رض) آلوده نبوده‌است و بی گناهی او در این مورد ثابت می‌شود و پر واضح است که علّت متهم شدن او به قتل عثمان(رض) این بود که ‌او قبل از شهید شدن عثمان(رض) وارد خانه‌ی او گردید، (35)  و ابن کثیر رحمه‌الله می‌گوید وقتی عثمان(رض) با محمد بن ابی بکر سخن گفت، او حیا کرد و از شرم برگشت و پشیمان شد و چهره‌اش را پوشاند و از عثمان(رض) به دفاع پرداخت، امّا ممانعت او فایده‌ای نداشت(36) 