فیل شنیدم که می‌گفت: مسیب بن لجبه را دیدم که ابن سوداء (عبدالله بن سبأ) را آورد در حالیکه علی بر روی منبر بود، علی گفت: چه کار کرده؟! گفت: بر الله تعالی و رسولش دروغ می‌گوید(2) . و از یزید بن وهب از علی روایت شده که گفت: من با این حمیت(3)  سیاه چه کار دارم؟! یزید بن وهب از سلمه، از شعب روایت کرده که علی‌ بن ابی‌طالب گفت: من با این حمیت (روغن‌دان) سیاه چه کار دارم؟ - یعنی مرا با عبدالله بن سبأ چه کار؟! - او در مورد ابوبکر صدیّق و عمر بد و ناسزا می‌گفت.(4)  و این روایت‌ها، با سندهای صحیح از علی(رض) به اثبات رسیده‏اند. مورخان، فرقه ‌شناسان و کارشناسان این مسائل، حکایت کرده‏اند که ابن سبأ در ارتباط با حضرت علی(رض) مدعی ربوبیّت شد، در نتیجه علی و یارانش او را با آتش سوزاندند(5) . جرجانی می‌گوید: سبئیه طایفه‌ای از رافضه هستند که به عبدالله ‌بن سبأ نسبت داده می‌شوند، او اوّلین کسی بود که از میان رافضی‌ها کافر شد و گفت: علی پروردگار جهانیان است، در نتیجه علی و یارانش او را با آتش سوزاندند(6) . ملطی در موضوع بحث درباره‭ی سبئیه می‌گوید: آنها یاران و هواداران عبدالله بن سبأ می‌باشند، آنها به حضرت علی(رض) گفتند: تو تو! ! ، گفت: مگر من کیستم؟ گفتند: خالق باری، لذا حضرت علی از آنها درخواست توبه کرد، امّا آنها توبه نکردند و از سخن خود برنگشتند، در نتیجه آتشی بزرگ برای آنها برافروخت، آنها را سوزاند و در مقام رجز خوانی گفت :
لما رأیت الامر امراً منک-راً اججت ناری و دعوت قنبراً (7) 
(وقتی که آن کار را کاری منکر و ناپسند مشاهده کردم، آتشم را برافروختم و چکاوکی را فراخواندم).
بعضی از مورخان بر این باورند که علی(رض) ابن سبأ را نسوزاند، بلکه او را به مدائن تبعید کرد، سپس بعد از آنکه حضرت علی فوت کرد مدّعی شد که علی نمرده است و به کسانی که خبر مرگ وی را آورده بودند گفت: «اگر مغز او را در هفتاد کیسه برایمان بیاورید، باز هم مردن او را باور نخواهیم کرد».(8) 
شاید قول اوّل صحیح باشد و آنچه که در صحیح بخاری آمده بر آن گواهی می‌دهد. از عکرمه نقل شده که گفت: زندیقهایی را پیش حضرت علی آوردند، وی آنها را سوزاند، خبر به ابن‏عباس(رض) رسید، گفت: اگر من به جای علی می‌بودم آنها را نمی‌سوزاندم زیرا پیامبر(ص) از این کار نهی کرده، و فرمود: «لا تعذبوا بعذاب الله»: (با عذاب خداوند عذاب (که آتش است) ندهید). و آنها را می‌کشتم، زیرا پیامبر(ص) فرموده: «مَن بَدَّلَ دینه فاقتُلُوُه»(9)  :(هر کس دینش را تغییر داد، او را بکشید). ابن جعفر در شرح این حدیث بعد از آنکه بعضی از روایت‌ها را درباره‭ی آن سوخته‌شدگان نقل می‌کند، می‌گوید: آنها مردمانی بوده‏اند که بت‌ را می‌پرستیدند و در بعضی از روایات آمده که آنها از اسلام مرتدّ شده‏اند، البته در اینکه آنها چه کسانی بوده‏اند، در روایات‌ اختلاف وجود دارد، سپس گفته است: ابومظفر اسرافینی در (الملل و النّحل) مدعی است کسانی که توسط علی(رض) سوزانده شدند طایفه‌ای از رافضیه بودند که مدعی خدا بودن علی بودند و آنها سبئیه هستند و بزرگ و مهتر آنها عبدالله بن سبأ یهودی بود که به اسلام ‌آوری تظاهر کرد و این مقاله را ساخته و پرداخته کرد و این ممکن است که اصلش چیزی باشد که ما آن را از حدیث ابی‌طاهر مخلص از طریق عبدالله بن شریک عامری، روایت کردیم. او گفت: به علی گفته شد: در اینجا قومی‏از کفار در مسجد هستند که ادعا می‌کنند تو پروردگار آنها هستی. آنگاه علی(رض) آنها را فراخواند، و گفت: وای بر شما، چه می‌گویید؟
گفتند: تو پروردگار ما و خالق ما و رازق ما هستی! (10)  سپس بقیه روایت را ذکر کرده که در آن، این مطلب هم قید شده که علی سه دفعه از آنها درخواست توبه کرد، امّا آنها توبه نکردند، در نتیجه علی(رض) آنان را در گودال‌هایی که برایشان کنده بود، با آتش سوزاند، و گفت :
لما رأیت الامر من-----کراً  اججت ناری و دعوت قنبراً
(وقتی که آن کار را کاری منکر و ناپسند مشاهده کردم، آتشم را برافروختم، و چکاوکی را فراخواندم).
ابن حجر می‌گوید: سند این روایت در مرتبه‭ی (حسن) قرار دارد2 و منظور در اینجا این است که عقاید شیعه رافضه که در قالب غلو و افراط در مورد علی(رض) در آن دورة زمانی هویدا شده روشن و واضح گردد. (و نیز این نکته مطرح شود) که حضرت علی نسبت به عقوبت آنها بی‌توجهی نشان نداده و آنها را به گونه‌ای مجازات کرد که عکس ‌العمل ابن‏عباس را هم برانگیخت، چنانکه ثابت شد که حضرت علی همه‭ی عقاید دیگری را که در دوران وی ظهور کردند و به نحوی خود را در رشته‭ی شیعه‌گری برای وی درآوردند و مدعی برتری علی بر عموم صحابه و شیخین شدند انکار نمود و علیه آنها مخالفت ورزید که منشأ انتشار فوش و ناسزاگویی به صحابه گرامی‏ آن گمراهان بودند.
ابن تیمیه (رحمه الله) گفته است: وقتی که شیعه در دوران خلافت امیرالمؤمنین علی‌بن ابی‌طالب آن بدعت‌ها را به وجود آوردند، آن حضرت به رد آنها بر خاست و آنها سه طایفه بودند: غالیه، سبئیه، و مفضّله. امّا درباره‭ی غالیه باید بگوییم که علی آنها را با آتش سوزاند، چون یک روز از دروازه‭ی کنده خارج و ناگهان اقوامی ‏برای او سجده بردند، آنگاه گفت: این چه کاری است که می‏کنید؟ گفتند: تو همان الله هستی، آنگاه علی(رض) سه بار از آنها طلب توبه کرد، امّا آنها بازنگشتند، در مرتبه‭ی سوّم دستور داد که گودال‌هایی برای آنها حفر کنند و آتش در آن برافروخته شود، سپس آنها را در آن انداخت. 
درباره‭ی سبّئیه باید گفت که وقتی خبر ناسزاگویی عبدالله بن سبأ به ابوبکر صدّیق و عمر به سمع علی رسید، خواستار کشتن او شد، ابن سبأ هم به سوی قرقیسیا فراری شد و قرقیسیا درباره‭ی او سخن گفت، علی با کارگزارانش با مدارا و نرمی‏برخورد می‭کرد، زیرا (بعلّت نابسامانی اوضاع) قدرت کامل نداشت و آنها از همه دستوراتش، اطاعت نمی‌کردند. 
و امّا درباره مفضّله: علی گفت: هر کس را که پیش من بیاورند به جرم اینکه مرا بر ابوبکر و عمر تفضیل و برتری داده آن عدد شلاقی را که برای بهتان چینان و توهین‌کنندگان درنظر گرفته شده است، بر او خواهم زد، بیشتر از هشتاد روایت نقل شده که علی فرموده است: بهترین این امّت بعد از پیامبرش، ابوبکر است سپس عمر.(11) 
به هر حال عقاید رافضه با اینکه در دوران حضرت علی ظهور یافتند، به صورت انحصاری افراد یا فرقه‌ای نمایندگی آنها را بر عهده نگرفت و تا پایان عمر علی(رض) رفضی گری بر آن حالت باقی ماند.
دکتر سعدی هاشمی ‏در رساله‌ی خود: (ابن سبأ حقیقت است نه خیال) عقیده‭ی ابن سبأ و بدعت‌هایی را که بدان فرا خوانده را به طور اختصاصی و نیز راویانی (روایت کنندگان احادیث و اثر) را که از ابن سبأ متأثر شدند ذکر کرده است، مهمترین بدعتی که ابن سبا منادی آن شده است، قول به «وصیت» است، او اوّلین کسی است که وصیت پیامبر(ص) برای علی را ذکر کرد و اوّلین کسی بود که وجود نص صریح الهی بر جانشینی علی برای رسول خدا (ص) را مطرح ساخت همچنین اوّل