ه که از مقصد خود گذشتند و دور شدند احساس خستگي کردند. و زماني که موسي اين سخن را به جوان همراهش گفت ، جوان به او گفت: (أَرَأَيْتَ إِذْ أَوَيْنَا إِلَى الصَّخْرَةِ) آيا به ياد نمي آوري آنگاه که شب ما را در کنار آن صخره ي معروف در ميان دو دريا پناه داد (فَإِنِّي نَسِيتُ الْحُوتَ وَمَا أَنسَانِيهُ إِلَّا الشَّيْطَانُ ) همانا من ماهي را از يادبردم، و جز شيطان آن را از خاطرم نبرد، (وَاتَّخَذَ سَبِيلَهُ فِي الْبَحْرِ عَجَبًا ) و جزو شگفتي ها اين بود که ماهي وارد بحر شد و در درون آن خزيد. 
مفسرين گفته اند: راهي را که ماهي در دريا در پيش گرفت ، پشت سر او تبديل به تونل مي گشت و اين امر براي موسي و خدمتکارش شگفت انيگز بود. 
و هنگامي که خدمتکارش اين سخن را گفت، و خداوند به وي وعده داده بود که هر جا  ماهي را گم کند همان جا خضر را خواهد ديد، موسي فرمود: (ذَلِكَ مَا كُنَّا نَبْغِ)پس جستجو کنان براي ردپاي خود بازگشتند . يعني ردپاهاي خود را به سوي جايي که ماهي را فراموش کرده بودند در پيش گرفته و بازگشتند و چون به آنجا رسيدند بنده اي از بندگان ما را يافتند و او خضر، آن بندۀ صالح بود و طبق قول صحيح پيامبر نبوده است. 
(فَارْتَدَّا عَلَى آثَارِهِمَا قَصَصًا) خداوند رحمت ويژه اي به او داده بود که به سبب آن دانش و عملش زياد شد و کردار نيکو گشته بود. (وَعَلَّمْنَاهُ مِن لَّدُنَّا عِلْمًا) و از جانب خويش علمي به او آموخته بوديم. و علم و دانش به  او داده شده بود که موسي از آن برخوردار نبود، گرچه موسي در بيشتر چيزها از او عالم تر بود، به ويژه در علوم ايماني و اصولي، زيرا موسي از پيامبران اولوالعزمي است که خداوند آنها را در علم و عمل و غيره بر ساير مخلوقات برتري داده بود. و هنگامي که موسي به او رسيد، در قالب پيشنهاد، و بسيار مودبانه خواسته اش را مطرح کرد و گفت: (هَلْ أَتَّبِعُكَ عَلَى أَن تُعَلِّمَنِ مِمَّا عُلِّمْتَ رُشْدًا) آيا مي پذيري که من همراه تو شوم و از تو پيروي کنم بدان شرط که از آن چه خداوند به تو آموخته است به من بياموزي، تا مايۀ صلاح و رشد و هدايت من شود، و در اين قضايا حق را به وسيلۀ آن بشناسم؟ خداوند الهام و کرامتي فراوان به خضر داده بود که به وسيلۀ آن چيزهاي زيادي که حتي براي موسي پنهان و پوشيده بود، مي دانست. پس خضر به موسي گفت: از اينکه با من همراه شوي امتناع نمي ورزم، اما (لَن تَسْتَطِيعَ مَعِيَ صَبْرًا (تو هرگز توان شکيبايي با من را نداري. يعني تو نمي تواني از من پيروي کني و همراه من بايستي، زيرا کارهايي مي بيني که به ظاهر منکر و نادرست مي باشند و در باطن چنين نيستند، و تو نمي تواني اين کارها را مشاهده و تحمل کني. بنابراين گفت: (وَكَيْفَ تَصْبِرُ عَلَى مَا لَمْ تُحِطْ بِهِ خُبْرًا) چگونه مي تواني در برابر چيزي شکيبايي کني که ظاهر و باطن و هدف و سرانجام آن را نمي داني؟ پس موسي گفت: (سَتَجِدُنِي إِن شَاء اللَّهُ صَابِرًا وَلَا أَعْصِي لَكَ أَمْرًا) اگر خداوند بخواهد مرا شکيبا خواهي يافت و در هيچ کاري از تو نافرماني نمي کنم. البته اين تصميم موسي بود ، قبل از اينکه موردي پيش آيد و مورد امتحان قرار گيرد، اما عزم و اراده چيزي است و وجود صبر چيزي ديگر. بنابراين در ميدان عمل صبر نکرد و شکيبايي نورزيد. پس در اين هنگام خضر به او گفت: (قَالَ فَإِنِ اتَّبَعْتَنِي فَلَا تَسْأَلْنِي عَن شَيْءٍ حَتَّى أُحْدِثَ لَكَ مِنْهُ ذِكْرًا) اگر از من پيروي کردي دربارۀ چيزي که انجام مي دهم اما در نظرت ناپسند مي باشد، از من مپرس، و اعتراض مکن، و بگذار تا خودم در زماني مناسب راجع به آن برايت سخن بگويم و تو را از آن آگاه سازم. پس خضر، موسي را از سوال کردن بازداشت و به وي وعده داد که او را از حقيقت کار آگاه خواهد کرد.فَانطَلَقَا حَتَّى إِذَا رَكِبَا فِي السَّفِينَةِ خَرَقَهَا قَالَ أَخَرَقْتَهَا لِتُغْرِقَ أَهْلَهَا لَقَدْ جِئْتَ شَيْئًا إِمْرًا پس به راه افتادند تا آنکه سوار کشتي شدند،[ خضر] آن را سوراخ کرد. [موسي] گفت: «آيا آن را سوراخ کردي تا سرنشينان را غرق کني؟ بي گمان کار بسيار بدي کردي»
قَالَ أَلَمْ أَقُلْ إِنَّكَ لَن تَسْتَطِيعَ مَعِيَ صَبْرًا [خضر] گفت: «آيا نگفته بودم که تو هرگز نمي تواني همراه من شکيبايي کني؟»
قَالَ لَا تُؤَاخِذْنِي بِمَا نَسِيتُ وَلَا تُرْهِقْنِي مِنْ أَمْرِي عُسْرًا [موسي ] گفت: «مرا به خاطر آنچه فراموش کردم بازخواست مکن، و درکارم بر من سخت مگير».
فَانطَلَقَا حَتَّى إِذَا لَقِيَا غُلَامًا فَقَتَلَهُ قَالَ أَقَتَلْتَ نَفْسًا زَكِيَّةً بِغَيْرِ نَفْسٍ لَّقَدْ جِئْتَ شَيْئًا نُّكْرًا پس به راه خود ادامه دادند، آنگاه که به نوجواني برخورد کردند و [خضر] او را کشت. [موسي] گفت: «آيا انسان بي گناه و پاکي را کشتي؟ بي گمان کار زشت و نا پسندي کردي»
قَالَ أَلَمْ أَقُل لَّكَ إِنَّكَ لَن تَسْتَطِيعَ مَعِي صَبْرًا[خضر] گفت: «مگر به تو نگفتم که همانا تو با من توان شکيبايي را نخواهي داشت»
قَالَ إِن سَأَلْتُكَ عَن شَيْءٍ بَعْدَهَا فَلَا تُصَاحِبْنِي قَدْ بَلَغْتَ مِن لَّدُنِّي عُذْرًا [موسي] گفت: «اگر بعد از اين از تو دربارۀ چيزي پرسيدم، با من همراهي مکن، بي گمان از سوي من معذور هستي». 
(فَانطَلَقَا حَتَّى إِذَا رَكِبَا فِي السَّفِينَةِ خَرَقَهَا)موسي و خضر به راه افتادند تا آنگاه سوار کشتي شدند، خضر تخته اي از تخته هاي کشتي را بيرون آورد و از اين کار هدفي داشت و آن را آخر کار برايش بيان مي کرد، اما موسي صبر نکرد، چون اين کار را منکر و زشت مي پنداشت، زيرا سوراخ کرن کشتي باعث معيوب شدن آن، و سبب غرق شدن سرنشينانش مي شد. بنابراين موسي گفت: (َخَرَقْتَهَا لِتُغْرِقَ أَهْلَهَا لَقَدْ جِئْتَ شَيْئًا إِمْرًا) آيا کشتي را سوراخ کردي تا سرنشينانش را غرق کني؟ و اقعاً کار بسيارز بدي کردي. اين بدان خاطر بود که موسي صبر نداشت. پس خضر به او گفت: (أَلَمْ أَقُلْ إِنَّكَ لَن تَسْتَطِيعَ مَعِيَ صَبْرًا) آيا نگفته بودم که تو هرگز نمي تواني همراه من شکيبايي کني؟ يعني همانطور شد که به تو گفته بودم، و اينجا موسي فراموش کرده بود که نبايد چيزي بگويد. بنابراين گفت: (لَا تُؤَاخِذْنِي بِمَا نَسِيتُ وَلَا تُرْهِقْنِي مِنْ أَمْرِي عُسْرًا) سخت نگير و مرا ببخش، زيرا اين کار را از روز فراموشي کردم، پس در ابتداي کار مرا بازخواست مکن. موسي به تقصير خويش اقرار کرد و عذرخواهي نمود، و به خضر گفت شايسته نيست که بر همراهت سخت بگيري، بنابراين خضر از او درگذشت. (فَانطَلَقَا حَتَّى إِذَا لَقِيَا غُلَامًا فَقَتَلَهُ) گفت: «آيا انسان بي گناه و پاکي را کشتي؟ بي گمان کار زشت و ناپسندي کردي». 
و چه کاري زشت تر از کشتن کودکي است که هيچ گناهي نکرده، و هيچ کس را نکشته است؟ در حادثۀ اول، موسي از روي فراموشي از خضر سوال کرد، ولي در اينجا فراموش نکرده بلکه توان و شکيبايي را نداشت. بنابراين خضر او را مور