ده‌ی مردم درس‌هایی از وعظ و ارشاد را تقدیم می‌نمود، ولی متاسفانه مدت تعلیم وی زیاد طول نکشید که به دلیل مشورت نکردن با مفتی شهر، استاد مولد بن موهوب، امام و خطیب این مسجد با مخالفت شدید وی مواجه شد و این امر باعث حساسیت نشان دادن نامبرده گشت، و او را از تدریس در مسجد مزبور منع کرد.
 از این رو ابن موهوب با آن معلم جوانی که هدفی جز نشر تعالیم الهی وخدمتی به مردم دیارش نداشت، به مخالفت بر خاست. زیرا درس‌هایش شورشی در مقابل بدعت وخرافات بوده و تعصباتی که عقل‌های مردم را تحریک می‌کرد دور انداخت، و همچنین عاملی برای بیداری مردم از حالت اشغال و جهل بود. مفتی مزبور مدتهای مدیدی سعی کرد آن معلم جوان را از تدریس منع کند، و در مقابل وی آشوب به را ه انداخت و  هنگام درس چراغهای مسجد را خاموش می‌کرد. اما معلم جوان با عهدی که با خدای خود بسته بود تسلیم هیچ یک از آشوبهای ابن موهوب نشد و به شاگردانش دستور داد که در وقت آمدن به کلاسهای درس شمع‌هایی را با خود بیاورند تا در زیر روشنایی آنها به درس‌هایشان ادامه دهند. ولی مفتی مزبور دشمنی خویش را با این معلم جوان از راههای دیگری ادامه داد، وبه یکی از پیروانش بنام حاج قریشی دستور داد که با آن معلم جوان برخورد کرده و از برگزاری کلاس‌های درس ایشان ممانعت به عمل آورد، حاج قریشی آمد، کتاب را در پیش امام مدرس بست و شمع‌ها را خاموش کرد و نزدیک بود که فتنه‌ای بین وی و دانشجویان در داخل مسجد رخ دهد، اما این  معلم مودب و وارسته آتش فتنه را خاموش و شاگردانش  را راهنمایی نمود که کلاس را ترک نمایند.
-------------------------------------------------
1) تطویع شهادتنامه ای است که مسجد تونس آن را به فارغ التحصیلان خود می داد. مترجم ابن بادیس دانست که گام اول در برابر اشغال‌گریهای فرانسه آموزش است، لذا همه توانایی‌هایش را در زمینه گسترش  تعلیم و تربیت  به کار بست، و همچنین روش باز گشت به اسلام از منابع اصیل و اولیه آن، مبارزه در مقابل اباطیل و خرافات و دشمنی با گروه‌های متصوفه گمراه - که استعمارگان را یاری می‌دادند -، را به خوبی می‌دانست.  
زمانیکه از سفر حجاز باز گشت فورا همان خطوط مشروعی را که قبل از حج بر آن کار می‪کرد و کار دینی در خلال نشر تعلیم و تربیت نسلها بر آن استوار است، به مرحله اجرا در آورد. بخاطر اینکه آنچه را که قبلا در بین وی و ابن موهوب روی داده تکرار نشود، پدرش از نماینده قسنطینه اجازه رسمی را برای وی صادر کرد که اجازه داشت به شیوه‌ای مجانی در (الجامع  الاخضر) - یکی از سه مسجدی که حکومت آنها را سرپرستی می‌کرد -، جلسات دینی داشته باشد . 
وی همچون گذشته تدریس را با اجازه رسمی دولت، آغاز نمود و درس را برای عموم مردم تنظیم کرده و کلاس‌های دیگری ویژه دانشجویان علوم دینی که گروهی از (الجامع الخضر ) و جماعتی در مسجد سیدی قموش بودند، ادامه داد، در حالی‌که نه از مردم و نه از حکومت اجره‌ای نمی‌گرفت . 
دروس عمومی وی تفسیر قرآن بود که مدت بیست و پنج سال طول کشید، و به مناسبت ختم آن در 13 ربیع الثانی سال 1357 هجری برابر با 12 جوئن 1938میلادی، کشور الجزایر مراسم جشنی برگزارکرد. یکی دیگر از درس‌های عمومی وی حدیث نبوی شریف در کتاب الموطا بود که در میانه ماه ربیع الثانی سال 1358 هجری مطابق با جولای 1938 میلادی پایان یافت. اما درس‌های خصوصی دانشجویان به سطح فکری و علمی آنها ارتباط داشت که در آن علوم دینی، لغت، تاریخ اسلامی، منطق، توحید و تمامی علومی که در ساختار طلاب نقش داشتند، تدریس می‌شد. 
جنبه‌های آموزشی و تربیتی نزد ابن بادیس از بارز ترین مشارکت و همکاریها بود که در آن نسبت  به بزرگان تقصیر و کوتاهی نمی‌کرد و حتی به کودکانی هم که قادر بر یاد گرفتن بودند - اما در مدارس حکومت مکانی را نمی‌یافتند، یا در مدارس حکومتی می‌خواندند ولی به یادگیری لغت، شناخت دین و تاریخ شان به شدت نیاز داشتند -، خدمت می‌کرد.
در سال 1926 میلادی نخستین مدرسه تعالیم آزاد ابتدایی تاسیس شد. که جماعتی از عالمان برجسته مثل سید عربی وسید عمر بن مغسوله وی را همکاری کرده و مسجد« سیدی بو معزه» و ساختمان متصل به آن را خریداری کردند و اسم «المکتب العربی» را برایش انتخاب کردند. اداره این مکتب عربی در اوایل به عهده یکی از دانشجویان ابن بادیس بود، اما بعدها بخاطر وسعت آن (الجمعیه الخیریه الاسلامیه) که در سال 1336هجری مطابق با 1917 میلادی تاسیس شد، اداره آن را به عهده گرفت. در سال 1349هجری مطابق با 1930 میلادی  این مکتب به (مدرسه جمعیه التربیه والتعلیم الاسلامیه) تغییر کرد، این گروه  از ده نفر که شیخ عبدالحمید بن بادیس ریاست آن‌ را به عهده داشت تشکیل شد. هدف این گروه (1) نشر اخلاق فاضله، معارف دینی عربی، و ترویج صنایع دستی در بین فرزندان آن دیار بود. شایان ذکر است که از جمله نصوص قانون این انجمن این بود که از پسرانی که توانایی مالی داشتند، هزینه‌های تعلیم گرفته شود. ولی دختران هزینه‌هایی پرداخت نمی‌کردند، و تمامی مراحل تعلیم آنان مجانی بود.   
بعدها «ابن بادیس» برای توجه به دانشجویان و مراقبت از رفتارشان و تاسیس صندوق خیریه‌‌ای ویژه آنان، کمیته‌ای را از اعضای «انجمن تعلیم و تربیت اسلامی» تشکیل داد. 
ایشان از مردم جزایر خواستند که امثال این کمیته‌ها را تاسیس و یا شاخه‌هایی را در مناطق مختلف سرزمین جزایر تاسیس کنند. در واقع این زحمتهای طاقت فرسا که در عرصه تعلیم در این مدارس آزاد در قسنطینه صرف می شد از خیلی جهات موثر واقع شد، زیرا در آنجا مخلصانی بر خاسته و در این مدت زمان، مدارسی را برای آموزشهای ملی ایجاد کردند که از مهمترین آنها، مدرسه‌ی( الشبیبه الاسلامیه) در شهر جزایر در سال 1927 میلادی  بود که نقش مهمی را ایفا می کرد و بعدها استعمار گران بر آن چیره و مسلط شدند .  
ابن بادیس جزایریان را بر تعلیم زنان و هوشیاری آنان و تربیت بر اساس عفت و دور اندیشی و مهربانی بر فرزندان تشویق می کرد، ایشان را به سمت درس‌هایی تعلیمی و پرورشی در مدرسه هر هفته یک بار سوق داد و پنج سال آخر زندگی خود را بدان اختصاص داد، همچنان دوستان دانشمند خود در شهر و روستاها را به این کار تشویق کرد، و به ایشان سفارش کرد که این روش را ادامه دهند. 
زمانی که مدارس مملو از دختران شد و مراحل آموزش ابتدایی به پایان رسید وفاتش فرا رسید و جان به جان آفرین تسلیم نمود و پروژه پربار ایشان تعطیل شد. 
اما پسران را بر حسب استعدادها و سطحهای فکری و علمی بر چهار گروه تقسیم کرد، کسانی که تحصیل خود را نزد او به اتمام می‌رساندند؛ در صورتی که توانایی داشتند جهت اتمام تحصیلات راهی دانشگاه (زیتونیه) تونس می‌شدند.    
از چهره‌های درخشان و برجسته در بین دانشجویان می‌توان به: مبارک میلی، سعید زاهری، هادی سنوسی، محمد بن عابد، سعید زموشی، ابن عتیق، فضیل و رتلانی اشاره کرد. بسیاری از دانشجویان به آنچه را که نزد وی فرا گرفته بودند اکتفا کر