 شیعه کرد:
در آن عهد، عموم اهالی ایران بر مذهب اهل سنت و جماعت بودند، و زمرة شیعة اثناعشری در عین ذلت و قلت تقیه می‌نمودند، وی (یعنی شاه اسماعیل) به ضرب شمشیر، مروج مذهب جعفری شد و رونق به طریقت اثناعشری داد(2).
به هرحال، نوشتة حسن روملو را می‌توان چنین تفسیر کرد که تشیع صفوی را قزلباشان از خارج ایران و از محیطی که سنی‌ستیزی در اوج بود به ایرن آوردند، کسی از علمای شیعه در ایران نمی‌توانست عقاید آنها را قبول کند، در نتیجه هیچ عالم شیعه‌ئی در ایران با آنها همکاری نکرد، هیچ کتابی از متون مذهبی شیعیان ایران باب طبع ملایان تبرائی نیفتاد؛ سرانجام یک تازه‌واردِ عرب کتاب ابن مطهر حلی را با خود به ایران آورد و آن را اساس دین قرار داد، و اما چه کسانی کتاب او را تدریس می‌کردند؟ این را پائین‌تر خواهیم دید که عموما از روستاهای جنوب لبنان بودند که با کوله‌بارِ بغض و نفرت و سنی‌ستیزی به ایران آمدند و وارد دار و دستة قزلباشان شدند، و وظیفة تبلیغ دین و تدریس و افتاء را به دست گرفتند.
از وقتی که قزلباشان پا به عرصة سیاست‌گزاری ایران نهادند، امام علی که تا آن زمان امام اول شیعه و خلیفة چهارم پیامبر بود به مقام خدائی ارتقاء یافت، دسته‌جات تبرائی به رهبری ملایانی از خودشان که از میان بزهکاران شهری سر برآورده و یکشنبه ملا شده بودند، روز و شب در کوی و برزن‌ها به بانگ بلند به ابوبکر و عمر و عائشه دشنام می‌دادند، و از مردم ایران می‌خواستند که از خانه‌هایشان بیرون آیند، و با آنها همنوا گردند و «بیش باد و کم مباد» سر دهند، سنی را – که عموم مردم ایران بودند – کافر خواندند و جان و مال و ناموسش را حلال شناختند، و جنایت‌ها کردند که عقل از بازگوئیش ننگ دارد.
چون فقهای عرب به ایران آمده وارد دستگاه دینی قزلباشان شدند، و دسته‌جات تبرائی را پیرامون خودشان گرد آوردند، رفتار سنی‌ستیزانة تبرائیان تئوریزه شده به شکل عقیدة دینی به زبانِ عربی تدوین شد. نخستین، معروفترین و پرنفوذترین فقیه لبنانی که در آخرین ماه‌های عمر شاه اسماعیل وارد ایران شد شیخ علی کَرَکی نام داشت که در تاریخ فقه شیعه لقب محقق ثانی دارد، شیخ علی کرکی توانست توجه شاه تهماسب و سران قزلباش را به خود جلب کرده وارد دستگاه دینی صفویه شود.
تا آن هنگام یکی از تبرائیان سابق به نام امیر غیاث الدین منصور، و یک عربِ اهل حله که تازه به ایران آمده بود به نامِ امیر نعمت الله حِلّی مسترکًا صَدر بودند، شیخ علی کرکی برای آن که مقام صدارت را به یک دست‌نشاندة خودش داده تحت سلطة خویش درآورد، با این دو درافتاد. او ابتدا نعمت الله حلی را از میدان به‌در کرد، و نعمت الله از ایران گریخته به حله برگشت، بعد از آن کرکی به غیاث الدین پرداخته از میدان بیرونش کرد. اسکندر بیک ترکمان در این باره چنین می‌نویسد:
میر نعمت الله به جهتِ خصومت و نزاع خاتم المجتهدین شیخ علی عبدالعالی [کرکی] و موافقت شیخ ابراهیم قطیفی که معاند خاتم المجتهدین بود، از صدارت معزول گشته به حله رفت، و علامه العلمائی [غیاث الدین] من حیث الانفراد صدر بود، و اما میانة او و خاتم المجتهدین طرح بد نشست، میر [غیاث الدین] او را تجهلات می‌کرد، (متهم به بی‌اطلاعی از امور دینی می‌کرد) و او میرزا را به عدمِ قید (یعنی عدم تقید به امور دینی) متهم می‌داشت، روزی در خدمت اشرف [شاه تهماسب] میانة ایشان مباحثة علمی واقع شده منجر به نزاع شد، رفته رفته منازعاتِ ایشان به قباحاتِ کلی (یعنی دشنام متقابل) نجامید، حضرت شاه مراعات جانب خاتم المجتهدین کرده میرزا از صدارت معزول گردید(3).
غیاث الدین منصور به شیراز تبعید شد، ولی شیخ کرکی فرمان ریاست دستگاه دینی پارس را برایش فرستاد(4)؛ زیرا که غیاث الدین منصور در میان تبرائی‌ها یارانِ بسیار داشت، و شیخ کرکی ترجیح داد او را با خود داشته باشد، و با این اقدامش او را دست‌نشاندة خود کرد، مورخان صفوی تصریح کرده اند که «تمامی یاران کرکی عرب بودند و به فرمان او امور مربوط به مذهب و شرع را انجام می‌دادند»(5). شماری از اینها از وابستگان به خانوادة شیخ کرکی بودند که معروفترین‌شان میر سید حسین جبل عاملی – دخترزادة شیخ کرکی – بود، این مرد همراه شیخ کرکی «از جبل عامل آمده، مدتی در داراالارشاد اردبیل به تدریس و شیخ الاسلامی و قطع و فصل مهام شرعیه قیام داشت، بعد از آن (یعنی پس از درگذشت شیخ کرکی) به درگاه معلی (یعنی دربار شاه تهماسب) آمده دعوی اجتهاد می‌نمود، و منظور نظر حضرت شاه جنت‌مکان گردید.... توقیع او را سید المحققین و سند المدققین وارث علوم الانبیاء والمرسلین خاتم المجتهدین مرقوم می‌ساختند، اگرچه علما در این باب سخن داشتند، و غایبانه اذعان می‌نمودند.... تصانیف بسیار در فقه و حقیقت مذهب اثناعشری و رد مذاهب مبتدعه دارد»(6).
شاه تهماسب که نوجوانی نابالغ بود نسبت به شیخ کرکی ارادت خاصی ورزید، و به او اختیار تام داد که برای نشر «دین ائمة اطهار» هر شیوه‌ئی را که مناسب بداند به مورد اجرا بگذارد. در زمان شاه اسماعیل هنوز موضوع جانشینی و نمایندگی امام غائب و موضوعاتی از این قبیل وارد اندیشة قزلباشان نشده بود، وقتی شیخ کرکی و دیگر لبنانی‌ها وارد ایران شدند به سران قزلباش و به شاه تهماسب نوجوان فهماندند که پادشاه باید سلطنتش را از امام غائب دریافت دارد تا مشروعیت داشته باشد، شیخ کرکی پس از آن که  این عقیده را جا انداخت، خودش را نمایندة امام غائب معرفی کرد، و شاه تهماسب نیز این را قبول کرده وی را منبع مشروعیت سلطنت خودش دانست، در نتیجه برای نخستین بار در تاریخ ایران (و در تاریخ اسلام) مقام مرجعیت شرعی به گونه‌ئی که اکنون می‌شناسیم درست شد، و این عقیده تدوین گردید که بدون اذن مرجعیت که نمایندة امام غائب است هیچ سطنتی مشروعیت ندارد، پیش از آن در تئوری سنی گفته شده بود که پیامبر و خلفا منبع هرگونه مشروعیت سیاسی اند، و برای این تئوری چند کتاب در قرن‌های چهارم و پنجم نوشته شده بود. ولی خلیفه‌ئی که در آن تئوری منبع مشروعیت‌ها بود (خلیفة عباسی) حاکمیت را در دست داشت و یک فقیه ساده نبود، اما تئوری‌ئی که فقهای لبنانی برای دولت صفوی ساختند فقیه ساده و بدون قدرت سیاسی را منبع مشروعیت قدرت سیاسی دانست، و به این طریق فقها در حاکمیت شریک شدند و برای نخستین بار در تاریخ ایران یک حاکمیت دوگانه ایجاد گردید که تا امروز برجا مانده است.
شاه تهماسب علاوه بر ریاست دستگاه دینی و قضائی، ریاست کل اوقاف کشور را نیز به شیخ کرکی سپرد، و اجازه داد که اموال اوقاف را به هر راهی که صلاح بداند به مصرف برساند، یعنی شیخ کرکی وقتی وارد ایران شد به ریاست کل دستگاه دینی، ریاست کل دستگاه قضائی، و ریاست کل امور اوقاف در کشور ایران منصوب گردید، و دستش باز گذاشته شد تا هرگونه که دلش بخواهد عمل کند، و انبوه اموالی که در اختیار می‌گرفت را به هرگونه که مایل باشد به 