ت، و از همه‌گونه ابزار سرکوب و ارعاب و اسکات برخوردار بود، او می‌توانست با این پشتیبانی نیرومند برنامه‌هایش را دنبال کند، با این حال برای آن که او هرلحظه بتواند نیروی قزلباش را برای سرکوب مخالفانش به حرکت درآورد، و کسی جرأت نکند که در برابر فرمان او برای نابودسازی کس یا کسانی تردید کند، از شاه تهماسب – که در آن زمان نوجوانی احساساتی بود – یک فرمان کتبی گرفت که شاه آن را به دست خودش با املای شیخ کرکی نوشته بود، و در میان سران قزلباش توزیع کرد. متن این حکم چنین بود:
هرکه مخالفت خاتمُ المجتهدین، وارث علوم سیدالمرسلین، نائبُ الأئمه المعصومین [شیخ علی کرکی] بکند، و در مقام متابعت نباشد، بی‌شائبه ملعون و مردود [است]، و به سیاسات عظیمه و تأدیب بلیغه (= توبیخ شدید و مجازات سخت) مؤاخذه خواهد شد(9).
روی این خطاب شدیداللهجه مستقیما به شیعیان ایران بود و نه کسان دیگر. شیخ کرکی با در دست‌داشتن این حکم شدید و غلیظ دست به کار تصفیة مخالفانش شد، چند تن از رقیبانِ عراقی او که در آن سال‌ها وارد ایران شده بودند دستگیر و تبعید شدند، و مخالفان ایرانیِ او نیز شدیدا سرکوب گردیدند، شیخ کرکی در مقام ریاست کل دستگاه دینی همة اوقاف ایران را در اختیار خود گرفت، دست به کارساختن مدارس شد، و پرداخت همة هزینه‌هایش را خودش شخصا زیر نظارت داشت، و به کسی اجازه نداد که در کارش ابراز نظر کند، دستگاه قضائی را نیز در اختیار خود گرفت و به تعیین قاضیان مورد نظر خویش که از خارج کشور و مشخصا از جنوب لبنان وارد می‌شدند پرداخت. مدرسان، قاضیان، امامان مساجد و مبلغان عموما فقهای لبنانی بودند که توسط شیخ کرکی آورده می‌شدند و طبق خواستة او عمل می‌کردند. ما سراغ نداریم که یک فقیه شیعة ایرانی در زمان او در دستگاه دینی و قضائی بوده باشد؛ این سخن را همة منابعِ کتبیِ موجود تأیید می‌کند، شک نیست که شیخ کرکی به شیعیان غیر قزلباش ایران هیچ بهائی نمی‌داده و شیعیان ایران نیز با او همعقیده نبوده اند؛ و گرنه کم نبوده اند، در ایران آن زمان شیعیانی که معلومات وافی در مذهب شیعه داشته متونی از فقهای قدیم و جدید نیز در اختیار داشته باشند، این که بالاتر خواندیم که در ایران هیچ کتاب شیعه وجود نداشت، و کسی به اصول مذهب شیعه آشنا نبود نمی‌تواند اساسی داشته باشد؛ فقط مردم با مذهب قزلباشان اشنا نبودند و کتابی که در مذهب آنها باشد در ایران وجود نداشت، ولی شیعیان ایران – جز شیعیان قم و کاشان – در نظر قزلباشان و شیخ کرکی و هم‌مذهب‌شان شیعة واقعی به شمار نمی‌رفته اند، همچنان که متون دینی‌شان نیز متون دینی به شمار نمی‌رفته است، به همین سبب هم در کتاب‌های مؤلفان زمان شاه تهماسب می‌خوانیم که در آن زمان کسی در ایران از اصول مذهب شیعه آگاهی نداشت، و هیچ کتاب مذهبی شیعه در ایران نبود.
ما در این دوره با دو اصطلاح مواجهیم که یکی مخالفین و دیگری معاندین است، هرچند که این دو تعبیر در مواردی به جای هم به کار رفته اند، ولی اصطلاح اول برای شیعیان ایران و اصطلاح دوم برای سنیان به کار میرفته است، این هردو اصطلاح توسط شیخ کرکی ابداع شدند، تا همة کسانی که با مذهب فقهای لبنانی همسو نبودند با چوب «مخالف» یا «معاند» تکفیر شده از میان برداشته شوند، در ایرانِ آن زمان شیعه و سنی چندان به هم نزدیک بودند که قزلباشان و شیخ کرکی و هموندانش نمی‌توانستند هیچ تفاوتی میان آن دو گروه درک کنند؛ لذا هردو گروه را با یک چوب می‌راندند؛ و شیعه‌ها را «مخالفین» و سنی‌ها را «معاندین» می‌نامیدند.
شیخ کرکی پس از نویساندنِ حکم‌نامة شاه تهماسب، فتوائی شرعی صادر کرد که در هیچ کدام از شهرهای ایران باید «مخالفان» و «معاندان» زندگی کنند، «او امر کرد که مخالفان و سنیان را [از شهرها] بیرون کنند تا مبادا که موافقین را گمراه نمایند»(10). او با این فتوا هم به جنگ شیعیان ایران برخاسته بود و هم به جنگ سنیان. این بدان معنا است که یک فقیه لبنانی از یکی از روستاهای دورافتادة لبنان برای اولین بار به ایران وارد شده بود، خود را در پناه سپرها و شمشیرها و نیزه‌های قزلباشان و تبرهای تبرائیان قرار داده و به جنگ همه چیز ایران و ایرانی برخاسته بود، تا هرآنچه را ایرانی در طول هزاران سال ساخته بود ویران سازد و از میان ببرد، دستگاه دینی که او تشکیل داد یک مجموعه از عرب‌های تازه‌واردِ بیگانه از ایران و دین و فرهنگ و تمدن ایران و بیگانه با زبان ایرانی بودند که پس از ورود به ایران به قزلباشان پیوسته رهبری دسته‌جات تبرائی را به دست گرفته بودند، تا کینه‌های تاریخی که از مذهب حنبلی در دل داشتند و از لبنان با خود آورده بودند را بر سر مردم ایران خالی کنند، آنها حتی نمی‌دانستند که مذهب حنبلی هیچگاه در هیچ جای ایران وجود نداشته است، و سنی‌های ایران با عقاید حنبلی‌ها بیگانه اند.
بدین ترتیب بقایائی از مردم ایران که کم و بیش عقاید سابق‌شان را حفظ کرده بودند و دسته‌جات تبرائی نتوانسته بودند آنها را نابود سازند، به تحریکِ لبنانی‌های تازه‌وارد از زادبومشان رانده می‌شدند، یا مجبور می‌گشتند که عقایدشان را با عقاید قزلباشان و ملایانِ لبنانی همسو سازند، مردم شهرها که جز تغییردادن مذهب‌شان هیچ راهی نداشتند، مجبور شدند برای آن که از دیارشان اخراج نگردند تظاهر به شیعه‌گری کنند، در گاتا می‌خوانیم که زرتشت – پیامبر آزاداندیش جهان بشریت – به انسان‌ها تعلیم داده که انسان باید «پندار و گفتار و کردار»ش نیکو باشد، اگر نیک‌بودنِ پندار و گفتار نزد زرتشت آنست که انسان فکر بد به ذهنش راه ندهد و سخن ناروا بر زبان نیاورد؛ نزد شیخ کرکی دشنام‌دادن به انسان‌هائی که نهصد سال پیش از او مرده بودند فضیلت بود، این تعالیم را شیخ کرکی از جنوب لبنان با خود آورده بود تا به ایرانیانی یاد بدهد که سه هزار سال تمدن را پشت سر گذاشته و اینها را یاد نگرفته بودند، او نه تنها به ایرانیان می‌گفت که مساجد شما تا امروز قبله اش کج بوده و شما 900 سال است که متوجه این مسئله نیستید؛ بلکه می‌گفت: فحش ندادن‌تان به کسانی که 900 سال پیشتر مرده اند تاکنون جرم بوده است؛ زیرا هرکس تبرا نکند مجرم است؛ و هرکس به ابوبکر و عمر و عائشه دشنام ندهد مجرم است. فقهای جنوب لبنان آمده بودند تا به ایرانیان یاد بدهند که در کوچه‌ها به راه افتند و با صدای بلند و همنوا به مردگان نهصدساله دشنام بدهند، شیخ کرکی کتاب «نفحات اللاهوت فی وجوب لعن الجبت والطاغوت» را به همین منظور نوشت تا راه و رسم دشنام به مردگان را به ایرانیان بیاموزد، یک بار دیگر به عنوان این کتاب نظری بیفکنیم. عنوان این کتاب به فارسی چنین می‌شود: «نسیم خنک ملکوتی، در ضرورت دشنام‌دادن به جبت و طاغوت (ابوبکر و عمر) است». هان ای ایرانیان! اینست فضیلت! و شما قرن‌ها در غفلت گذرانده اید، و از این فضیلت بی‌بهره مانده اید! این است اصل «تبرا و ت