در برابر هم صف آراستند، شاه اسماعیل – به همان عادت – دورتر از عرصة نبرد مشغول شکار بلدرچین بود، شیبک خان با رشادت تمام قزلباشان را مورد حمله قرار داد، و در دور اول نبرد شمار بسیاری از آنها را به خاک هلاکت افکند، چون قزلباشان در آستانة شکست قرار گرفتند، سران قزلباش رفته شاه اسماعیل را از میدان بازی به میدان نبرد کشاندند، تا حضورش به قزلباشان روحیه باخته قوت قلب ببخشد، و آنها را مطمئن سازد که به امداد آسمانی به پیروزی خواهند رسید، در دور دوم نبرد در نیروی شیبک خان شکست افتاد، بخش اعظم افرادش کشته شدند یا فرار کردند، و شیبک خان با 500 تن عقب نشسته به دره‌ئی در کوهستان پناه بردند، قزلباشان در این تگناه بر سر شیبک خان ریختند و شیبک خان را با همراهانش به قتل آوردند، و سر وی را برای شاه اسماعیل بردند، شاه دستور داد جسد او را نیز یافته برایش بردند، او دست‌های شیبک خان را از لاشه جدا کرده کناری نهاد، سپس شکمش را با شمشیرش دریده امعا و احشایش را بیرون آورد، آنگاه به قزلباشان «حکم ولائی» داد تا گوشت لاشة شیبک خان را خام خام خوردند، مؤلف جهانگشای خاقان خوردن گوشت لاشة شیبک خان توسط قزلباشان را چنین می‌ستاید:
[شاه اسماعیل] به لفظ گهربار فرمودند که هرکه سر مرا دوست دارد از گوشت دشمن من طعمه سازد.... به مجرد سماع این فرمان کوشش و ازدحام جهت اکل گوشت میتة (= خوردن گوشت مردار) شیبک خان به مرتبه‌ئی رسید که صوفیان (= قزلباشان) تیغ‌ها کشیده قصد یکدیگر نمودند، و آن گوشت متعفن با خاک و خون آغشته را به نحوی از یکدیگر ربودند که چرغان شکاری در حال گرسنگی آهو را بدان رغبت از یکدیگر ربایند(1).
امیر محمود خواندمیر می‌نویسد که صوفیان برای خوردن گوشت گندیده و آغشته به خاک و خون شیبک خان هجوم آوردند، بعضی از آنها دست به شمشیر بردند، تا دیگران را کنار بزنند و خود به لاشه برسند؛ و در نتیجه چند تن زخمی شدند، کسانی که نتوانستند خود را به لاشه برسانند، پاره گوشت کوچکی را به مبلغ گزافی از دیگران می‌خریدند و با علاقه می‌خوردند(2).
قزلباشان پس از این پیروزی به مرو حمله برده آن شهر را گرفته سه روز ابنیة تاریخی مرو را منهدم می‌ساختند، یا به آتش می‌کشیدند، و ساکنان شهر را کشتار می‌کردند، و جوانان را مورد تجاوز جنسی قرار می‌دادند، از سرهای کشتگان مرو چندین کله مناره برپا گردید، تا یادگار این فتح عظیم باشد که نصیب «شاه دین پناه» شده بود، شاه اسماعیل همچنین دستور داد کاسة جمجمة شیبک خان را پوست برکنده پاک کردند و در ظرفی نگاه داشتند، تا از آن جامی بسازند که او در آن باده بنوشد، شاه اسماعیل یک دست شیبک خان را برای «نصیرالدین محمد بابر» - که اخیراً کابل را برای خودش گرفته بود – فرستاد، و به او نوشت که شیبک خان دست تو را از سمرقند کوتاه کرد؛ اینک ما دست او را برای تو فرستادیم، و دست دیگرش را برای ارعاب «امیر رستم روزافزون» - فرمانروای شیعة زیدی‌مذهب مازندران – فرستاد، و به او نوشت که تو نخواستی به اطاعت ما درآئی، و دست به دامن شیبک خان شدی، «دست تو به دامن شیبک خان نرسید؛ اینک ما دست او را برای تو می‌فرستیم». پوست سر شیبک خان را نیز با کاه انباشتند، و شاه اسماعیل آن را برای «بایزید دوم عثمانی» فرستاد(3). بقایای سر و استخوان‌های لاشه را در آتش سوزانده خاکسترش را زیر سم اسبان پراکندند.
پس از مرو نوبت هرات رسید، هرات پس از ویرانی زمان چنگیزخان دوباره جان گرفته بود، و در دوران تیموری حاکم‌نشین خراسان شده بود، سلطان ابوسعید تیموری و سپس سلطان حسین بای‌قرا آن شهر را پایتخت قرار داده، شکوه و جلالی به آن بخشیده بودند، هرات در آن زمان یکی از مراکز مهم فرهنگی ایران و پرجمعیت‌ترین شهر خراسان بود، در این شهر مدارس پررونقی دائر بود که علمای نامداری چون مولانا تفتازانی در آنها تدریس می‌کردند، و دانش‌جویان بسیاری حتی از ماوراءالنهر و هندوستان و عثمانی در آنها به تحصیل اشتغال داشتند، اهمیت فرهنگی هرات در آن زمان از اینجا معلوم می‌شود که بدانیم بزرگانی چون استاد بهزاد در آن شهر تحصیل کرده بودند، و هم در آن شهر به تربیت هنرمندان و آفرینش هنری اشتغال داشتند، جامی – عارف نامدار ایران – نیز از همین شهر بود، و در همین شهر تحصیل کرده بود، و اندکی پیش از این رخدادها در این شهر درگذشته بود، به علاوه یکی از بزرگترین کتابخانه‌های ایران در هرات دائر بود که به همت امیر علی‌شیر نوائی – وزیر بای‌قرا – به شکوه رسیده بود، و ده‌ها هزار جلد کتاب در آن نگهداری می‌شد، هرچند که حاکمیت هرات در آن اواخر به دست ترک‌های شیعة زیدی‌مذهب افتاده بود، ولی در هرات نه مردم از مذهب شیعه پیروی می‌کردند، و نه یک عالم و سخنور و دانشمند شیعه وجود داشت؛ زیرا که مردم هرات در آن زمان عموماً سنی بودند، شاید خوانندة این کتاب تعجب کند که اولین و آخرین ایرانی که پیش از صفویه در مرثیة امام حسین و شهیدان کربلا شعر سرود، یک ملای شاعر سنی حنفی‌مذهب از مردم همین شهر به نام ملا حسین بود که مرثیه‌هایش را «روضه الشهدا» (یعنی بهشت شهیدان) نامید، «روضه خوانی» که با روی کارآمدن صفویه برای نخستین بار توسط تبرائیان و به تقلید از قزلباشان در ایران مرسوم شد، در آغازش خواندن مرثیه‌های همین کتاب «روضه» بود، عقیدة همة سنی‌های ایران در بارة اولاد پیامبر مثل ملا حسین بود؛ ولی قزلباش‌ها و شاه اسماعیل با افسانه‌هائی که شنیده بودند می‌پنداشتند که سنی‌ها دشمنان اهل بیت پیامبرند.
یک گروه قزلباش زیر فرمان مردی به نام قلی جان از سردستگان تبرائی به هرات گسیل شدند، مردم هرات که جنایت‌های قزلباشان در مرو را شنیده بودند، راه چاره را در آن دیدند که داوطلبانه تسلیم قزلباشان شوند، شاید از تجاوز و کشتار برهند، قلی جان پس از آن که شهر را تحویل گرفت علما و اعیان را به مسجد جامع فرا خواند، او در مسجد به قاضی القضات هرات دستور داد که شیعه شود، و برفراز منبر رفته تبرا کند و به ابوبکر و عمر و عثمان لعنت بفرستد، و حکم کفر سنی‌ها را صادر کند، قاضی القضات بیچاره که نمی‌توانست چنین دستوری را اجابت کند، در همانجا در کنار منبر به دست قزلباشان به قتل رسید، (شکمش را دریدند و امعا و احشایش را به پای منبر ریختند)، دومین مردی که دستور یافت به فراز منبر رفته ابوبکر و عمره و عائشه را دشنام دهد و از مذهبش دست بکشد، حافظ زین الدین علی – مفتی اعظم هرات – بود، این فقیه نیز از اجرای فرمان قلی جان سرباز زد، قلی جان به دست خودش شکم وی را درید و امعا و احشایش را بیرون کشیده به میان مردم حاضر در مسجد افکند، و سپس سرش ر از تن جدا کرد، پس از آن قلی جان به قزلباشان دستور داد که همة حاضران در مسجد را از خُرد و درشت به قتل برسانند، جسدهای قاضی القضات و حافظ زین الدین را به همراه اجساد چندین تن دیگر از بزرگان و اعیان هرات در میدان شهر به آتش کشیدند(4). روزهای آی